بعد أن وافق مجلس الوزراء على الترتيبات التنظيمية لرئاسة الشؤون الدينية بالمسجد الحرام والمسجد النبوي، حدد التنظيم 7 اختصاصات ومسؤوليات للهيئة تتمثل في تنظيم شؤون الأئمة والمؤذنين في المسجد الحرام والمسجد النبوي، إقامة الدروس والمحاضرات والدورات والحلقات العلمية في علوم الشريعة داخل الحرمين.
إضافة إلى إصدار الرخص اللازمة للمطوفين داخل المسجد الحرام، الإشراف على الترجمة الشرعية المتصلة بالشؤون الدينية، تولي أعمال الدعوة والتوجيه والإرشاد الديني في الحرمين، والإشراف الفني على شؤون المصحف الشريف وتفاسيره وأيضاً على شؤون المكتبات داخل المسجد الحرام والمسجد النبوي.

تنظيم وإدارة الخدمات الدينية

كما تم تشكيل لجنة مؤقتة لتمثيل 6 جهات حكومية وهي (رئيس بأمر من رئيس مجلس الوزراء وممثل من كلاً من :وزارة المالية، ووزارة الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية، والهيئة الملكية لمدينة مكة المكرمة والمشاعر المقدسة، ورئاسة الشؤون الدينية بالمسجد الحرام والمسجد النبوي، والهيئة العامة للعناية بشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي).

وتكون مهمة اللجنة متابعة ممارسة رئاسة الشؤون الدينية بالمسجد الحرام والمسجد النبوي والهيئة العامة للعناية بشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي، والعمل على معالجة الصعوبات والتحديات، ومراجعة مشروعي التنظيمين وإدخال التعديلات والاقتراحات تمهيداً لرفعها من قبل رئيس اللجنة في مدة لا تتجاوز الثلاثة أشهر من تاريخ إحالتهما إليها لإكمال الإجراءات النظامية.
وحدد التنظيم مصادر الموارد المالية للرئاسة والتي تتكون من الاعتمادات المخصص لها في الميزانية العامة للدولة، وما يقبله الرئيس من وصايا وريع أوقاف و مافي حكمها، كما ستفتح الرئاسة حسابات خاصة بالأوقاف التي تديرها والتي تتولى أعمال النظارة عليها وتكون مستقلة عن حساباتها وبميزانية خاصة بها.
وتعد رئاسة الشؤون الدينية بالمسجد الحرام والمسجد النبوي إحدى أبرز الجهات التي تُعنى بتنظيم وإدارة الخدمات الدينية، وتسعى لتحقيق رسالة الحرمين الشريفين في نشر الإسلام وتعزيز القيم الإسلامية. تُشرف الرئاسة على العديد من الجوانب الإدارية والتنظيمية التي تضمن تقديم أفضل الخدمات للزوار والمصلين.